Ende 1962 findet auf Initiative von weitsichtigen Patrons - vor allem aus der Uhrenindustrie - die Gründungsversammlung in Biel statt. Eine Antwort auf den bereits damals ausgeprägten Fachkräftemangel, mit dem Ziel der Integration von behinderten Menschen in den Arbeitsprozess. Im Jahr 1965 wird das Ausbildungszentrum mit Wohnheim eröffnet.

Erste Vergrösserung des Bildungszentrums, konjunkturbedingter Abbau der Plätze in der Uhrenmontage, Diversifikation des Ausbildungsangebots vor allem in der Mechanik, der Elektronik und den Büroarbeiten. Schaffung des Vereins "Freunde der Stiftung Battenberg". 

1981 verfügte die Stiftung über 65 Ausbildungsplätze in zwei Hauptbereichen der Berufsausbildung: "Mikrotechnik und Montage von Geräten", einschließlich der Uhrmacherei, sowie "kaufmännische Tätigkeiten des Typs R und S". Darüber hinaus gab es 20 Plätze in der Berufsbeobachtung und in der geschützten Werkstatt. Die Stiftung begann nun, immer mehr Frauen zu ihren Klienten zu zählen. Die Aktivitäten der 65 Bewohner sind sehr vielfältig: Camps, Sport, Spiele, Feiern, Themenabende, Filmvorführungen, kreative Aktivitäten sowie Reisen im In- und Ausland. 

Ende 1989 verfügte die Stiftung über 95 Ausbildungsplätze für Menschen mit besonderen Bedürfnissen. Erste Computer Ende der 80er Jahre. Das Zeitalter der Schreibmaschinen neigte sich dem Ende zu und auch die ersten Archivierungs- und Abrechnungstechniken wurden bereits digitalisiert. Etwa 60-70 Mitarbeitende, überwiegend Vollzeitbeschäftigte. Praktika, Ausbildungen und Berufs-Abklärungen wurden in den Bereichen Uhrmacherei, Mechanik, Elektronik, Verwaltung und Küche angeboten. Eine Polygraphie-Ausbildung sowie eine Druckerei befanden sich an einem zweiten Standort. Das Personal des begleitenden Wohnens fungierte gleichzeitig als Integrationsfachkraft. Jedes Jahr trafen sich die Auszubildenden während einer Aktivitätswoche, manchmal sogar zu gemeinsamen Reisen ins Ausland. Auch das Therapie-Bad wurde im Jahr 1992 zur Freude aller renoviert. 

Um die Qualität zu festigen, lässt sich die Stiftung Battenberg 2003 nach ISO-Norm und BSV zertifizieren. 2018 und 2021 folgen Rezertifizierungen nach den neusten ISO-Standards. Die Qualität in der beruflichen Ausbildung wird 2021 mit dem Erhalt des eduQua-Zertifikats bestätigt. Im gleichen Jahr wird die Bieler Stiftung mit dem “Label für die Zweisprachigkeit” ausgezeichnet, welches die gelebte Kultur der Zweisprachigkeit darstellt. 

Im Jahr 2011 wird ein Change- und Erneuerungs-Prozess zur Erhöhung der Wettbewerbsfähigkeit und der Integrationsorientierung eingeläutet. Mit der Verabschiedung der Strategie 2015 richtet sich die Stiftung Battenberg als wirtschaftlich-soziales Unternehmen neu aus. Die Zusammenarbeit mit der Wirtschaft wird verstärkt. Neue Zukunftsberufe in den Bereichen Informatik und Mediadesign werden Teil des Angebots. Vorbereitet wird auch die Renovation des Gastronomiebereiches an der Südstrasse, der rechtzeitig zur Jubiläumsfeier Ende 2015 eingeweiht werden kann. 

2018 wird die Bieler Stiftung AK15 Teil der Stiftung Battenberg und bringt angepasste Arbeitsplätze für Menschen mit einer IV-Rente mit. Ab 2018 werden Stellensuchende und Sozialhilfebeziehende der Stadt Biel in diversen Programmen in der sozioberuflichen Integration unterstützt.  2021 übernimmt die Stiftung Battenberg das ehemalige Atelier 93 in Nidau. 

Führungswechsel in den operativen und strategischen Leitungen. Andreas Nauer übernimmt am 1. September 2023 die Leitung der Stiftung Battenberg. Markus Gerber (Direktor von Dezember 2009 bis August 2023) tritt in den Stiftungsrat ein und wird am 1. April 2024 den Vorsitz vom langjährigen Präsidenten, Jean-Daniel Pasche, übernehmen.  In der Juravorstadt ist ein Bauprojekt für ein neues Gebäude geplant. Mit diesem Ergänzungsneubau wird die Konzentration der verschiedenen Betriebsstandorte in den beiden eigenen Immobilien, Südstrasse und Juravorstadt, möglich. Dies wird wesentliches Synergie- und Entwicklungspotenzial erschliessen.